外泌体不管是在基础科研、临床应用,还是商业研发,都相当火热,给大家介绍一个超强的外泌体数据库:exoRBase。网址:exorbase.org
exoRBase数据库共收录了种circRNAs,种lncRNAs,种mRNAs,它们来自92份血清外泌体RNA-seq实验数据,包括正常人(NP)、冠心病(CHD)、结直肠癌(CRC)、肝细胞癌(HCC)、胰腺腺癌(PAAD)和乳腺癌(BC)等样本。
也许你在担心自己的课题不适合做外泌体,莫慌!实际上外泌体是一个非常特殊的对象,它并不是终极的一个分子或蛋白,它是一个单位,而这一单位是细胞与细胞之间沟通方式的最主要形式,因此你可以想象,几乎所有生物医药研究领域,你都可以全新的,从外泌体的角度进行挖掘!
这篇文章中,作者介绍了其团队开发了的web可访问的数据库exoRBase,这是一个人类血液外泌体的RNA-seq数据分析的circRNA、lncRNA和mRNA的存储库,还包括已发表文献的实验验证。
数据库整体设计▲整个数据库可以通过网页轻松浏览、查询和下载,还允许研究人员提交新的外泌体RNA及其在人血外泌体中的表达谱。
浏览器的搜索和下载▲在每个样本组中的circRNA、lncRNA和mRNA的表达谱和相关样本均可下载并进行分析。此外,可以在“Downloads”页面上下载描述RNA详细信息的注释文件。用户也可以访问经过验证的RNA的手动管理信息。
参考文献:LiS,LiY,ChenB,ZhaoJ,YuS,TangY,ZhengQ,LiY,WangP,HeX,HuangS.exoRBase:adatabaseofcircRNA,lncRNAandmRNAinhumanbloodexosomes.NucleicAcidsRes.Jan4;46(D1):D-D.doi:10./nar/gkx.PMID:;PMCID:PMC.
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